Bases Super Secretas (Super-Secret Bases, originalmente) foram confirmadas em Pokémon Omega Ruby e Alpha Sapphire.
Ambos os jogos permitirão que o jogador crie suas bases, onde podem selecionar e posicionar decorações de acordo com o seu desejo.
Estas bases também poderão ser transformadas em ginásios Pokémon e podem implementar desafios criados por usuários através da decoração.
Utilizando as propriedades de comunicação do console, a divisão de Bases Secretas entre jogadores ao redor do mundo fica bem mais facilitada.
Ao visitar a Base de outro jogador, os membros desta base estarão presentes para interação, onde o personagem pode conversar e até mesmo batalhar com os NPCs.
Ao encontrar donos de Bases que agradem ao jogador, estes podem ser levados à sua própria Base Secreta e se tornar um Amigo Secreto (Secret Pal).
Os Amigos Secretos podem batalhar com o jogador, e também utilizar habilidades especiais que auxiliarão o personagem principal em sua aventura.
Outro aspecto divertido das Bases Super-Secretas é a atividade de pega-bandeira.
As bandeiras devem ser capturadas próximos aos PCs Secretos (Secret PC) encontrados em bases de outros jogadores.
O jogador pode pegar uma bandeira por dia de cada base visitada. Visitando assim, diversas bases, para aumentar o rank de seu time e ganhar recompensas, incluindo melhorias nas habilidades de seus Amigos Secretos.
As bandeiras mudarão de cor de acordo com o ranking do time em questão, permitindo ao jogador reconhecer o nível do outro time com apenas um piscar de olhos.
As Bases Super-Secretas poderão ser compartilhadas com outros treinadores por QR Code.
Utilizando destes códigos, o jogador poderá acessar uma base específica – caso desperte interesse em entrar em uma base particular.
O sistema de Bases será introduzido pelo NPC Aarune, dentro do jogo – auxiliando assim, quaisquer jogadores que se encontrem perdidos neste sistema interessante de interação entre jogadores no universo Pokémon.